Điều kiện hạn chế trong việc thành lập các khu định cư của con người trên đảo Montecristo đã ủng hộ việc bảo tồn hệ động thực vật và động vật tại đây. Nhiều loài trong số đó không thể tìm thấy được ở bất cứ đâu trên Địa Trung Hải. Quan tâm đặc biệt nhất chính là những cây Thạch nam khổng lồ có mặt tại các thung lũng và những cây sồi vài ngàn năm tuổi vẫn còn tồn tại ở những nơi cao nhất của đảo. Cũng thú vị không kém là loài rắn lục đảo Montecristo (Vipera Aspis hugyi, một phân loài cũng có mặt tại miền Nam nước Ý) và Cóc lưỡi tròn Tyrrhenia (Discoglossus sardus, một loài lưỡng cư chỉ có ở một vài hòn đảo ở Tuscan và Sardegna. Một phân loài thằn lằn đặc hữu khác của loài Podarcis muralis phát triển mạnh trên hòn đảo này.[9] Montecristo cũng là nơi sinh sống của hàng ngàn loài chim di cư và là một trong những thuộc địa lớn của các loài chim biển (đặc biệt là loài Hải âu Yelkouan, một loài trong năm 2012 được báo động là loài cực kỳ nguy cấp trên đảo).[5][9] Hòn đảo cũng là một trong số ít khu vực tại Ý có loài Dê hoang dã.

Môi trường biển là khá phong phú với các loài cỏ biển, hải quỳ, san hô và Cá mặt trăng. Cho đến những năm 1970, Hải cẩu thầy tu Địa Trung Hải là một loài cực kỳ nguy cấp và cực kỳ hiếm ở Ý đã được tìm thấy tại đây.[9] Các loài đặc hữu khác bao gồm loài Limonium Montis-christi,[9] Oxychilus oglasicola (một loài Ốc của Montecristo có mặt trên các đảo nhỏ của Scola, gần Pianosa) [9] và podarcis muralis calabresiae (một loài thằn lằn).[9]

Khu bảo tồn tự nhiên Đảo Montecristo

Ngày nay hòn đảo này chỉ có hai người sinh sống lâu dài, họ là những người canh giữ góp phần bảo vệ khu bảo tồn thiên nhiên. Ngoài ra, một trụ sở của Cục Lâm nghiệp Quốc gia ở thành phố Follonica gần đó tổ chức tuần tra xen kẽ mỗi hai tuần.[10] Khu bảo tồn tự nhiên quốc Đảo Montecristo là một khu bảo tồn tính đa dạng sinh học di truyền rộng 1.039 ha, được thành lập vào năm 1971 bằng Nghị định của Bộ Môi trường nhằm bảo vệ tính chất độc đáo của hòn đảo này.[1] Ngày nay, nó thuộc về Vườn quốc gia Quần đảo Toscano. Nó cũng đã được trao Chứng chỉ châu Âu về khu bảo tồn vào năm 1988,[11] và được công nhận như là một địa điểm quan tâm của toàn châu Âu.[12]

Khách tham quan sẽ gặp phải một số hạn chế. Đó chính là việc không được ở lại qua đêm, và các hoạt động câu cá, bơi lội, lướt sóng bị cấm trong vòng 1.000 mét bờ biển quanh đảo. Du khách có thể đi bộ (4,8 km) quanh khu vực bờ biển, nhưng không được câu cá. Hòn đảo chỉ có thể tiếp cận được tại Cala Maestra, nơi đáy biển là cát, với một khóa học tiếp cận tàu vuông góc với bờ biển. Bãi cát này cũng có thể cho cập bến gần bờ hơn với những tàu thuyền nhỏ hơn, hay có thể dùng dây buộc lên trên bờ với phao hai bên thành thuyền để chống va đập vào đá, nhưng không được phép thả neo. Ngoài ra, đó cũng là một địa điểm tốt để làm sân bay trực thăng nhỏ trong trường hợp khẩn cấp. Để tới được hòn đảo này, người ta phải có sự cho phép của Cục Lâm nghiệp Quốc gia đóng tại Follonica.

Khách ghé thăm với sự cho phép cơ bản là phải tiếp cận đảo từ Cala Maestra, và chỉ có thể tham quan dinh thự hoàng gia, vườn thực vật và các bảo tàng. Để tới được hòn đảo, du khách cũng phải chờ đợi trong một khoảng thời gian dài kể từ khi một giới hạn được thiết lập với việc chỉ có 1.000 du khách được tới đảo mỗi năm. Thời gian chờ đợi trung bình chính là khoảng ba năm. Việc tới đảo ưu tiên cho các nhà thám hiểm khoa học, hiệp hội, và trường học. Hành trình du lịch trên đảo cũng chỉ diễn trên ba con đường mòn có sẵn, tất cả đều rất hiểm trở.

Các địa danh được phép tham quan trên đảo ngoài Tu viện và hang động St. Mamiliano thì còn có Pháo đài Montecristo nằm trên đỉnh cao nhất của hòn đảo ở độ cao 645 mét, Royal Villa (Dinh thự Hoàng gia), Bảo tàng Lịch sử Tự nhiên, Vườn thực vật và di tích Nhà nguyện Santa Maria ở Cala di Santa Maria.